В конце 1989 года Юрий Шутов становится помощником народного депутата СССР, члена Верховного Совета СССР, председателя подкомитета по хозяйственному законодательству Комитета по законодательству, законности и правопорядку ВС СССР Анатолия Собчака. Причём инициатором такого сотрудничества бывшего осуждённого, как это сейчас говорят, по «экономической статье» и идеолога хозяйственных реформ, по воспоминаниям Шутова, был сам Собчак.
Кто именно порекомендовал Собчаку взять себе в помощники Шутова, так и осталось загадкой. Учитывая длинный «послужной список» Юрия Шутова и тот интерес, который Ленинградское УКГБ проявляло к Анатолию Собчаку, можно предположить, что поручителем в столь деликатном вопросе мог выступить тот человек, который курировал Собчака по линии 5-го отдела и который, безусловно, владел информацией насчёт того, что сам Шутов уже не первый год негласно сотрудничал с КГБ.
К слову, на эту тему Юрий Титович в своих мемуарах вообще не распространяется, предпочитая иронизировать над Собчаком, который, если верить Шутову, постоянно опасался своего разоблачения как сексота.
«Патрона» почему-то неудержимо тянуло в тогда ещё наглухо закрытый архив КГБ. Это вообще был дружный порыв многих известных «демократов», довольно прозрачно намекавших непонятливым и растерявшимся чекистам, что желательно бы скопом уничтожить все комитетские архивы. Причём обязательно вместе с папками под единым названием «Рабочее дело агента» и другими следами многолетнего сотрудничества с КГБ самих намекавших. Иначе необъяснимо странно для победивших уничтожать архивы побеждённых, где, наоборот, можно было найти много интересного», – не без сарказма вспоминает Юрий Шутов.
В мае 1990 года Юрий Шутов становится помощником Анатолия Собчака как председателя Ленсовета и перебирается в Мариинский дворец. Будучи посвящённым в самые деликатные вопросы личной жизни и профессиональной деятельности своего «патрона», он помогает Собчаку выстраивать различные административно-хозяйственные схемы и финансовые комбинации, которые создают начальный капитал формируемой тогда команды «питерских».
Незадолго до избрания Анатолия Собчака первым мэром города Санкт-Петербурга в июне 1991 года, в его команде происходит «санация», которая, судя по всему, была продиктована необходимостью избавиться от тех людей, чья неоднозначная репутация могла бросить тень на главного «демократа» Северной Пальмиры. Тем более что Анатолий Собчак, став мэром и сосредоточив в своих руках все бразды исполнительной власти города, открывал для себя и своего ближайшего окружения абсолютно новые возможности материального обогащения, доступ к которым, по мнению питерских чекистов, должны были иметь люди, наделённые особым доверием Конторы.