3 апреля, в день казни Перовской и Желябова, была открыта полицией общественная квартира, хозяевами которой были Фигнер и Исаев. Исаева арестовали. Полиция вошла в пустые комнаты, самовар на столе стоял еще теплый. Фигнер и на этот раз ускользнула. Комитет приказал Фигнер отправиться в Одессу. Сам комитет переехал в Москву, куда Фигнер была вызвана спустя полгода. Силы народовольцев были подорваны многочисленными арестами. О новом цареубийстве они уже не помышляли, хотя Перовская мечтала перед арестом о новом покушении. Презрев благоразумие, она наводила справки о людях, обслуживающих царский дворец, отыскивала адреса прачек и модисток, лично наблюдала за выездами царя, пока не была схвачена вблизи Аничкова дворца. Всего два дня спустя после убийства Александра II Фигнер также предлагала воспользоваться подкопом под Малой Садовой, заложить туда мину и, если новый император поедет из Аничкова дворца по этой улице в Михайловский манеж, взорвать ее. Однако остальные члены комитета были против этой затеи, квартира была ликвидирована, и новое покушение вслед за первым не состоялось.
Это были конвульсии, никаких сил для новой борьбы «Народная воля» не имела, и Исполнительный комитет практически прекратил свое существование: из двадцати восьми его членов на свободе оставалось только восемь.
Однако прошел год, и 18 марта 1882 года в Одессе был убит военный прокурор Стрельников. Это было делом рук Веры Фигнер. Девизом Стрельникова было: «Лучше захватить девять невинных, чем упустить одного виновного».
Фигнер поставила перед комитетом вопрос об убийстве прокурора. Ее предложение приняли, и участь прокурора была решена. Комитет выслал исполнителей: Степана Халтурина и Николая Желвакова. Так как опасались, что Стрельников носит кольчугу, решили целить ему в голову и стрелять в упор. Фигнер скрылась из города после всех приготовлений, прокурор был убит, пойманные народовольцы, исполнители приговора, казнены. Фигнер приехала в Москву, по здесь организация «Народной воли» также была вскоре разгромлена: кто уехал за границу, кто скрылся в другие города. Вера переехала в Харьков. Туда в июне 1882 года к ней пришло известие о новых арестах в Петербурге, в том числе двух членов Исполнительного комитета: Анны Корбы и Михаила Грачевского. Мария Ошанина и Лев Тихомиров эмигрировали. Фигнер осталась в России единственным уцелевшим представителем Исполнительного комитета.
Она не стала прятаться, пережидать опасное время. Ее деятельность была упорной и целеустремленной — не дать угаснуть революционной борьбе в стране. Фигнер устроила нелегальную типографию в Одессе, которая была вскоре обнаружена полицией. Она не подозревала, что Сергей Дегаев, которого она ввела в центральную организацию «Народной воли», стал предателем.