Морильо не обращал внимания на слова Моралеса, а тот мрачно предсказывал неудачу всей экспедиции. Морильо продолжил свой путь в Каракас. Там он объявил о полной амнистии и пообещал креолам, что их собственность на землю будет восстановлена, а с восстаниями негров и индейцев он покончит. Интересы дикарей из льянос, возвративших Испании власть в Венесуэле, таким образом, в расчет не брались.
Началось наступление на Новую Гранаду. Одна армия шла к ней через горы. Другая — под командованием Моралеса — по побережью. Солдаты Морильо плыли на кораблях. Затем последовала осада Картахены. Это героическое сражение длилось 106 дней. Испанцы бомбили Картахену с моря, обстреливали с близлежащих холмов. Неповоротливый и трусливый Кастильо был смещен. На его место назначили Бермудеса, соотечественника Боливара. Почти шесть тысяч человек умерли от голода. Две тысячи выживших 6 декабря 1815 года погрузились на рыбацкие лодки, пытаясь спастись в море. Многие погибли во время прилива, другие были подобраны испанскими кораблями, стоявшими при входе в гавань. Триста человек, оставшихся в Картахене, были казнены. Среди них и Кастильо.
Войско Морильо отправилось вверх по реке Магдалене к Санта-Фе-де-Боготе. Этот поход длился несколько месяцев. По дороге Морильо узнал, что Арисменди поднял на острове Маргарита восстание и вырезал весь небольшой испанский гарнизон. Моралес оказался прав. Морильо чувствовал себя неловко.
Хотя Богота сдалась без боя, Морильо учредил «трибунал усмирения», дабы избавиться от лидеров повстанцев. 30 мая 1816 года жены и дочери знатных горожан в отчаянии пришли к Морильо. Буквально на коленях они умоляли его пощадить их мужчин. Историк Севилья пишет, что генерал ответил им отказом, объяснив, что у солдат, убитых на Маргарите, тоже есть жены и дети. Около шестисот человек были казнены, в том числе Камило Торрес, президент республики и сторонник Боливара. Пламя независимости в Венесуэле и Новой Гранаде было погашено, и мало кто верил, что оно может вспыхнуть с новой силой.
В Кингстоне, столице Ямайки, Боливар, не имея ни гроша в кармане, нашел прибежище в бедном пансионе. У него появился друг Максвел Хислоуп, удачливый шотландский меценат, занимавшийся вместе со своим братом торговлей. В письме Хислоупу Боливар писал: «…Быстрые и решительные действия Морильо, несомненно, приведут к восстановлению в Южной Америке испанского господства. Испанские военные экспедиции все более расширяются. Только в Венесуэле они, предположительно, получили три тысячи рекрутов… Стоит ли обманывать себя? Общественное мнение в Америке еще недостаточно развито. Те, кто хочет независимости, должны понимать, что большинство населения все еще не определилось ни в своих взглядах, ни в своих интересах».