15 октября 1959 года в училище начался учебный год по программе высшей школы. Этому знаменательному дню, открывшемуся торжественным митингом личного состава, предшествовала большая работа по пересмотру учебных планов и приведению их в соответствие с требованиями подготовки по высшему инженерному профилю.
В учебно-летном отделе были введены общенаучные кафедры: высшей математики, теоретической механики, химии, физики. Дело новое и непривычное для отметившего 40-летие учебного заведения. Решено было обратиться за методической помощью к ряду гражданских вузов, изучить накопленный ими опыт и внедрить у себя, сделав, естественно, поправку на военную специфику. Кафедры и лаборатории некоторых вузов — Новочеркасского политехнического, Краснодарского педагогического, Ростовского инженеров железнодорожного транспорта, Таганрогского радиотехнического институтов, Ростовского госуниверситета с готовностью пошли навстречу военным коллегам: в адрес Ейского авиаучилища отгружалось оборудование, высылались методические пособия, специальные разработки, приезжали консультанты. Помогли и военные: в качестве шефской помощи ряд пособий и специальной литературы предоставила Военно-воздушная академия. Большую помощь в оборудовании лабораторий оказало Рижское высшее военное инженерное авиационное училище.
Личный состав училища активно принялся за конструирование новых тренажеров, сложных моделей, вычерчивание многочисленных схем и графиков, оформление красочных учебных стендов.
Совершенствовалась и методика летной практики курсантов, важной вехой развития которой явилось введение в 1962 году учебных полетов в ночных условиях.
Вновь, как и в пятидесятых годах, учились авиатехники. Осваивали новые типы крылатых машин и вносили корректировки в свою трудовую деятельность, сообразуясь с введением полетов ночью и в сложных метеоусловиях. В связи с этим в апреле 1959 года в училище вводится посменная система инженерно-авиационного обслуживания полетов.