В апреле 1992 г. в рамках создания новой военной структуры было реорганизовано министерство обороны, при этом 13 апреля объявили о создании военно-воздушных сил Эстонии как отдельного рода войск. Впрочем, энтузиазма у командования новой независимой армии хватило в основном лишь на пошив новых красивых парадных мундиров, ремонт штабных помещений и закупку из излишков НАТО и Швеции некоторых элементарных видов вооружения. Причём основным принципом здесь было «что угодно, лишь бы не советское». Например у шведов приобрели винтовки и бронетранспортёры времён Второй Мировой войны, в то время как сама шведская армия получила советские БМП-1 и МТ-ЛБ, оставшиеся у Германии от бывшей Национальной народной армии ГДР.
Практические задачи, поставленные перед эстонскими ВВС, сводились к приведению систем связи к единому стандарту НАТО, сохранению авиабазы Ямари для её использования авиацией НАТО и созданию системы ПВО, опять-таки интегрированной с НАТО. И это в те годы, когда вопрос о вступлении Эстонии в НАТО ещё даже не был поставлен официально! И только после этого стояла задача создания хоть какого-нибудь реального авиационного подразделения, например вертолётной эскадрильи. Выполнение первых трёх задач пошло в основном нормально: за 1995–2000 гг. эстонские вооружённые силы поучаствовали более чем в 80 совместных с НАТО мероприятиях, в первую очередь в учебных программах и семинарах. В 1999 г. армия и ВВС Эстонии участвовали в международных учениях НАТО «Cooperative Bear» на территории Польши, а в 2000 г. — в аналогичных манёврах «Baltic Line». С апреля 2002 г. эстонские ВВС вместе с коллегами из Латвии и Литвы участвуют в работе объединённого учебно-тренировочного центра, созданного по программе военного сотрудничества прибалтийских государств «BALNET».
А вот организация «реальной» авиации пошла у эстонцев с большими сложностями. Крупная советская авиабаза Ямари была приведена в относительный порядок только к 1997 г., причём большая часть её сооружений до сих пор пребывает в запустении, поскольку натовская авиация не спешит ею пользоваться. Российская армия, покидая Прибалтику, забрала с собой всё, что способно держаться в воздухе; на месте осталась лишь бывшая авиатехника республиканских аэроклубов ДОСААФ. Таким образом, у независимой Эстонии в 1991 г. имелось по паре Ан-2 и Як-52, одна «Вильга-35», три вертолёта Ми-2 и два планера Л-13 «Бланик». Вот их-то (за исключением планеров) и пришлось «ставить под ружьё» — т. е. намалевать на бортах опознавательные знаки образца 30-х годов и нарядить экипажи в военную форму. Расчёт на то, что авиационной техникой поделятся дружественные финны и шведы, не оправдался. Шведы оказались «неготовыми» предоставить безвозмездно несколько учебно-боевых самолётов SAAB-105, но, даже заплатив что-то за их аренду, эстонцы не смогли бы получить к ним соответствующие запчасти, давно снятые с производства. Да и подготовка в Швеции лётчиков и наземного персонала требовала таких финансовых затрат, какие Эстония никак не могла себе позволить. По аналогичным причинам провалился и план создания эскадрильи боевых вертолётов АН-1 «Кобра», которые предполагалось получить бесплатно из запасов армейской авиации США. Но и американцы отказали — под предлогом отсутствия у эстонцев соответствующей инфраструктуры и средств для их эксплуатации.