В 1887 году по просьбе генерала П. А. Грессера ассигнования на Охранную агентуру были увеличены Министерством внутренних дел с 90 до 120 тысяч рублей. Одним из обоснований этого решения было высказанное им опасение того, что уволенные ввиду недостатка финансирования агенты «из чувства озлобления могут сообщить известные им сведения посторонним лицам». В анонимном письме, направленном в это время на имя министра внутренних дел, говорилось: «Просим обратить Ваше милостивое внимание на Агентов Охраны. Прослужив почти 5 лет, теперь увольняют без всяких причин… Если же с вашей стороны не будет обращено должное внимание — постараемся подать прошение Государю Императору». Нам неизвестно, была ли эта угроза претворена в жизнь, но увольнения агентов охраны удалось избежать.
Межведомственной борьбе за руководство Охранной агентурой между Департаментом полиции и градоначальником был положен конец министром внутренних дел графом Д. А. Толстым, когда 23 мая 1887 года была утверждена инструкция «Состоящему в Управлении Санкт-Петербургского Градоначальника отделению по охранению общественной безопасности и порядка в столице», в которой, в частности, говорилось:
«При отделении охранной наружной службы состоит особая команда вольнонаемных людей (Охранная Агентура), которая действует под непосредственным руководством и наблюдением начальника отделения. На обязанности охранной команды лежит наружное наблюдение, в пределах полученных указаний, за подозрительными лицами. Порядок службы охранников определяется особой инструкцией, утвержденной Градоначальником. Охранная команда в целом составе и по частям может быть командируема в другие местности Империи».
Вслед за этим 10 октября 1887 года санкт-петербургский градоначальник генерал-лейтенант П. А. Грессер утвердил подготовленную подполковником Секеринским инструкцию «О порядке службы Охранной агентуры», в которой, в частности, говорилось: «Специальное назначение ОА — обеспечение-безопасности Высочайших Их Императорских Beличеств и Государя Наследника Цесаревича проездов в столице». На заведующего Охранной агентурой, назначаемого градоначальником с правами помощника начальника Охранного отделения, возлагалось «распределение между служащими в Агентуре и прикомандированными к охранной деятельности Санкт-Петербургской столичной и Речной полиции обязанностей их, как охранников, размещение агентов по постам, назначение очереди и продолжительности дежурств и т. п., разъяснение охранникам их обязанностей и тех практических приемов, кои будут признаны наиболее целесообразными…».