После этого сестёр заключили по разным монастырям: Феодору на подворье Псково-Печерского монастыря, находившееся в Белом городе, на Арбате, а Евдокию в Алексеевский Зачатьевский девичий монастырь на Пречистенке. Там они подвергались всяческим лишениям.
Вскоре на долю Морозовой выпало новое испытание: её сын Иван Глебович, ещё совсем молодой юноша, «от многия печали впаде в недуг… и так его улечиша, яко в малех днех и гробу предаша». Зарыдала боярыня и «падши на землю пред образом Божиим, умильным гласом с плачем и рыданием вещаше: увы мне, чадо мое, погубишатя отступницы!». Да, в XVII веке в Аптекарском приказе лекари были отменные, и уж что-что, а «залечить» умели!
Теперь царь мог легче расправиться с неугодной боярыней. После смерти Ивана всё огромное морозовское имущество было распродано, вотчины розданы другим боярам, а братья Морозовой Феодор и Алексей Соковнины высланы подальше из Москвы.
Для увещания боярыни к ней явился сам патриарх Питирим. «Дивлюся аз, — говорил он ей, — яко тако возлюбила еси чепь сию и не хощеши с нею и разлучитися». — «Воистину возлюбих, — отвечала Морозова, — и не точию просто люблю, но ниже еще насладихся вожделеннаго зрения юз сих! Како бо и не имам возлюбити сия, понеже аз таковая грешница, благодати же ради Божия сподобихся видети на себе, купно же и поносити, Павловы юзы, да еще за любовь единороднаго Сына Божия!» Тогда патриарх сказал: «Доколе имаши в безумии быти? Доколе не помилуеши себе, доколе царскую душу возмущаеши своим противлением? Остави вся сия нелепая начинания и послушай моего совещания, еже, милуя тя и жалея, предлагаю тебе: приобщися соборней церкви и росийскому собору, исповедався и причастився». — «Некому исповедатися, — отвечала Морозова, — ниже от кого причаститися… Много попов, но истиннаго несть». Разгневался патриарх и, «ревый, яко медведь», закричал своим слугам: «Поверзите ю долу, влеките нещадно! И яко пса за выю влачаще, извлецыте ю отсуду! Вражия она дщерь, страдница (каторжница), несть ей прочее жити! Утре страдницу в струб!» Боярыню начали избивать и прямо по полу потащили за цепь. «И сице ей влекоме с лестницы, все степени главою своею сочла».
Зимой 1673 года инокиню Феодору, Евдокию Урусову и их единомышленницу Марию Данилову подвергли жестоким пыткам. Их, полуобнажённых, поднимали на дыбу, встряхивали и выворачивали руки. Боярыню «держали на тряске долго, и ремнём руки до жил протерли». Когда начали бить пятью плетьми Марию Данилову, Морозова не выдержала и стала говорить мучителям: «Это ли христианство, чтобы людей так мучили?»