Когда начали бить пятью плетьми Марию Данилову, Морозова не выдержала и стала говорить мучителям: «Это ли христианство, чтобы людей так мучили?» После пытки раздетых страдалиц бросили прямо на снег. Так они пролежали часа три, а в это время на Болотной площади — напротив Кремля за Москвой-рекой, куда выходил государев сад, где казнили еретиков и преступников и устраивали кулачные потехи, — стали готовить срубы, наполненные соломой… «Патриарх же вельми просил Феодоры на сожжение, да боляре не потянули». Бояре боялись всенародной казни родовитой узницы, поскольку это могло создать нежелательный для них прецедент.
Убедившись в непреклонности Морозовой, царь через три дня после пытки прислал к ней стрелецкого голову со следующими ласковыми словами: «Мати праведная Феодосия Прокопиевна! Вторая ты Екатерина мученица! Молю тя аз сам, послушай совета моего. Хощу тя аз в первую твою честь вознести. Дай мне таковое приличие людей ради, что аки недаром тебя взял: не крестися треме персты, но точию, руку показав, наднесе на три те перста! Мати праведная Феодосия Прокопиевна! Вторая ты Екатерина мученица! Послушай, аз пришлю по тебя каптану (карету) свою царскую и со аргамаками своими, и придут многие боляре, и понесут тя на головах своих. Послушай, мати праведная, аз сам, царь, кланяюся главою моею, сотвори сие!» Но боярыня не вняла этим льстивым словам, решившись страдать до конца.
Вскоре суд Божий постиг патриарха Питирима — 19 апреля 1673 года он скончался; как свидетельствует диакон Феодор, «у живаго у него прогнило горло и вскоре умре от тоя лютыя болезни». Новым патриархом стал новгородский митрополит Иоаким. Боярыню перевели в Новодевичий монастырь, где её содержали под строгим началом и насильно заставляли присутствовать при никонианских богослужениях. Но это возымело противоположный эффект: к Новодевичьему монастырю стало стекаться множество представителей знати и простого народа, которые приезжали не для службы, а чтобы лично увидеть знаменитую страдалицу и поклониться ей. Тогда царь повелел перевести её в Хамовную слободу, во двор старосты. Сестра царя, царевна Ирина Михайловна, просила его не мучить Морозову. «Он же зарыча гневом великим и рече: “Добро, сестрица, добро! Коли ты дятчишь об ней, тотчас готово у мене ей место!”»
Этим местом стал тюремный острог в Боровске, куда все три узницы были отправлены в заточение. Начало заточения Морозовой в Боровске относится к концу 1673-го — началу 1674 года. Здесь уже находилась заточённая «тоя же ради веры» инокиня Иустина. Несколько позже в Боровск доставили княгиню Урусову и Марию Данилову. В сырой и тёмной земляной тюрьме Боровска они провели около двух лет.