Следственная комиссия из Москвы прибыла в Углич 19 мая. Учитывая тогдашнюю скорость передачи информации и передвижения, можно считать, что Москва отреагировала на трагедию практически мгновенно. Но главное: во главе следственной комиссии был Василий Шуйский, незадолго до этого вернувшийся из ссылки, куда он попал по воле Бориса Годунова.
Как считают историки, назначение Шуйского главой комиссии санкционировала Боярская дума, но предложение об этом могло исходить от Годунова — Борис понимал, что смерть Дмитрия обязательно припишут ему. Поэтому он и мог предложить кандидатуру Шуйского, нисколько не сомневаясь, что тот будет «землю рыть», чтобы найти хоть малейшую зацепку для обвинения Годунова в смерти Дмитрия — это был гениальный ход человека, невиновного в убийстве царевича!
Комиссия насчитывала несколько десятков человек. Кроме Шуйского и различных мелких чинов, в неё входили окольничий Клешнин, думный дьяк Вылузгин, церковь со своей стороны направила для надзора за следствием митрополита Гелвасия. Расследование велось максимально тщательно, были опрошены сотни людей. Допросы велись публично, во дворе кремля, в присутствии десятков и (быть может) сотен любопытных. При таком ведении дела фальсификация показаний и давление на свидетелей были полностью исключены — члены комиссии придерживались различных политических ориентаций, и каждый зорко следил за своими коллегами по расследованию, готовясь воспользоваться любой оплошностью.
Главными свидетелями гибели царевича были четверо мальчиков, мамка Волохова, кормилица Тучкова, постельница Колобова. Их показания и легли в основу заключения комиссии о гибели Дмитрия в результате несчастного случая, и это тогда, в 1591 году, признала вся Россия!
400 лет изучали историки «угличское дело», и никто не обращал внимания, что на вопрос следователей мальчикам: «Хто в те поры за царевичем были?» (Кто был рядом в момент происшествия?), мальчики дружно отвечали, что только они четверо, «да кормилица, да постельница!». Вот так — Василису Волохову они не упоминали, и, следовательно, её не было рядом в момент гибели Дмитрия! Где же она находилась?
Мария Нагая допросам не подвергалась — следователи не рискнули допрашивать пусть бывшую, но всё же царицу, однако известно, что Мария и её брат Андрей в момент гибели царевича сидели за обеденным столом. Им прислуживали трое видных служителей двора экс-царицы — подключники Ларионов, Гнидин и Иванов, а также стряпчий Юдин. Этот стряпчий (что-то вроде официанта) оказался восьмым свидетелем, кто видел происшедшую во дворе трагедию. Остальные трое узнали обо всём, только когда вбежал Петрушка Колобов.