Тогда же было принято Положение о военной службе донских казаков. Донское войско должно было иметь 80 полков. В каждом полку – по 578 человек. Срок службы – 30 лет (25 лет полевой службы и 5 лет внутренней). Вводилась единая форма одежды.
Начало царствования Александра I ознаменовалось перенесением в 1805 году войскового центра в новый город, который войсковая верхушка хотела назвать Александр-Черкасск, но по желанию царя было дано название Новый Черкасск. Официально причиной переноса города считались ежегодные наводнения, которые превращали стоявший на острове Черкасск в «Донскую Венецию». Новое место выбрали на высокой горе вдали от Дона. На самом же деле инициатор переноса города, атаман М.И. Платов, стремился выйти из-под контроля старой донской верхушки, безраздельно господствующей в Черкасске, и сплотить вокруг себя новую служилую, пожалованную царем верхушку.
Предстояло осваивать ставшие безопасными после уничтожения Ногайской Орды и подписания мира с турками земли за Доном, прикрыть Георгиевский тракт, тянущийся от Дона на Ставрополь. Но казаки за Дон шли неохотно, и Платов нашел выход.
Из 4 тысяч малороссиян (украинских реестровых казаков, убежавших на Дон) были созданы четыре новые станицы на новых задонских землях – Махинская (ныне – Ольгинская), Мечетинская, Кагальницкая и Егорлыкская.
Начало царствования Александра I прошло в многочисленных войнах. В 1805 году Россия начала войну против наполеоновской Франции в союзе с Австрией и Англией. В походе приняло участие 11 казачьих полков.
Австрийские войска были разбиты Наполеоном еще до подхода русских войск М.И. Кутузова. Армия Кутузова стала отступать. Находившиеся в арьергарде князя П.И. Багратиона казачьи полки Сысоева и Ханженкова приняли участие в знаменитом сражении под Шенграбеном, где 5 тысяч русских воинов остановили 30-тысячное войско неприятеля. За это сражение казаки получили в награду Георгиевские знамена, которые с того времени стали одной из важнейших наград в русской армии.
Генеральное сражение под Аустерлицем Наполеон выиграл, но казаки геройски сражались, прикрывая отступление армии. Особенно отличился лейб-гвардии казачий полк, прикрывавший отход гвардейских частей.
После поражения Австрия вышла из войны, но против Наполеона выступила Пруссия. Следующую военную кампанию 1806–1807 гг. казаки вели на ее территории. Общее руководство 16 донскими полками осуществлял М.И. Платов. Под его командованием казаки участвовали в сражении под Прейсиш-Эйлау, навязали французам в зимних условиях партизанскую войну и начисто истребили французскую легкую кавалерию.