Между тем в развернувшемся воздушно-морском сражении значительная роль была отведена и базировавшейся в Рабауле 25-й авиафлотилии, находившейся в непосредственном подчинении командующего 11 -м Воздушным флотом вице-адмирала Цукахара со штабом на острове Тиниан. Это была весьма мощная авиационная группировка, насчитывавшая к рассматриваемому моменту 162 боевых самолета.
Из всей армады базовых ударных самолетов 25-й авиафлотилии, в ходе сражения в Кораловом море лишь дюжине торпедоносцев G3M из состава авиагруппы «Гензан» удалось обнаружить американские корабли, но на этот раз японским экипажам не удалось добиться успеха.
На приведенном снимке показана штабной G3M из состава этой авиагруппы.
Однако, в то время как авианосные силы противников обменивались жестокими ударами, базовую авиацию японского флота вновь постигла неудача. Несмотря на то, что высланные для разведки летающие лодки обнаружили американские корабли, из направленных для их атаки нескольких групп торпедоносцев, насчитывавших не менее 80 машин, цель нашли только 12 G3M2 из состава авиагруппы «Гензан». Бушевавшие грозовые шквалы надежно скрывали корабли от остальных. Экипажи дюжины «троек» отважно ринулись в бой, но действовавшее отдельно от авианосцев соединение американских крейсеров, хотя и не имело истребительного прикрытия, смогло организовать мощный заградительный огонь, ставший непреодолимым барьером для трех машин. Экипажи остальных не смогли нанести противнику ни малейшего ущерба.
Гораздо большего успеха достигла базовая авиация флота поддерживая японские сухопутные войска, действовавшие против укрепившихся на полуострове Батаан и острове Коррехидор американских и филипинских войск. Необходимо отметить, что защитники этих твердынь сражались практически в полной изоляции в течение четырех месяцев. Предпринятое агрессорами в январе 1942 г. первое наступление после почти месяца ожесточенных боев было успешно отражено.
Немалая роль в этом принадлежала береговым батареям на острове Коррехидор и особенно небольшой флотилии тральщиков и канонерок (названного «летучим отрядом»), часто обстреливавших японские позиции фланкирующим огнем. Серьезно портил настроение японцам и дивизион американских торпедных катеров. Однако бесконечно продолжаться эта героическая эпопея не могла. Подтянув крупнокалиберную осадную артиллерию и перебросив на острова Палау базовую авиацию флота, Императорская Ставка 22 марта утвердила план операции по ликвидации последних очагов сопротивления на Филиппинах.
28 марта бомбардировщики обрушились на гавань и батареи Коррехидора. У оборонявшихся почти не было истребителей, но яростный огонь 90-мм зенитных орудий находил свои жертвы. Бомбежки перемежались с артналетами и 3 апреля японцы перешли в наступление. Несмотря на ожесточенное сопротивление, оказанное защитниками, к исходу дня 9 апреля полуостров Батаан был полностью очищен от войск союзников.