Добившаяся фактической независимости Чечня оказалась экономически несостоятельной, что и привело к расцвету криминальной «экономики». Средства, поступавшие из российского бюджета на выплату заработных плат, пособий и пенсий, чеченские власти использовали по своему усмотрению, в том числе на приобретение вооружений.
В январе 1993 г. прошло несколько раундов переговоров парламентских и правительственных делегаций Чечни и федерального центра, но в условиях противостояния Дудаева с собственным парламентом всегда вставал вопрос о полномочиях переговорщиков. Борис Ельцин отказывался лично встречаться с Дудаевым.
В обстановке обострившегося кризиса власти 17 апреля 1993 г. Д. Дудаев распустил кабинет министров Чеченской Республики, парламент, Конституционный суд Чечни и Грозненское городское собрание, ввел прямое президентское правление на всей территории Чечни и комендантский час. В июне 1993 г. спецподразделение национальной гвардии Чеченской Республики взяло штурмом здание парламента в Грозном. В результате погибло 58 человек и ранено около 200. В результате дудаевского переворота была провозглашена «суверенная Ичкерия».
В декабре 1994 г. по распоряжению президента России Ельцина на территорию Чечни были введены федеральные войска в целях «восстановления конституционного порядка». Замышлявшийся как краткосрочная операция по подавлению сепаратистов ввод войск превратился в затяжную войну между федеральным центром и сторонниками чеченской независимости.
К 1996 г. было создано пророссийское правительство во главе Д. Завгаевым, в мае в результате ракетного удара был убит Дудаев. Однако в августе 1996 г. сепаратистские силы захватили Грозный и Гудермес, с ними были подписаны Хасавюртовские соглашения, по которым с территории Ичкерии выводились федеральные войска и восстанавливалась де-факто независимость. Решение вопроса о статусе республики было отложено до 2001 г. Хасавюртовские соглашения не принесли мира и спокойствия в Чечне и прилагающих к ней регионах. Чеченские криминальные структуры безнаказанно делали бизнес на захвате заложников, хищениях нефти, производстве и контрабанде наркотиков и т.д.
В республике стало усиливаться влияние исламских экстремистов. На территории республики были созданы лагеря для обучения боевиков, появились многочисленные арабские наемники. Главной их целью стала дестабилизация положения на Северном Кавказе. Ими были осуществлены многочисленные террористические акты.
В сентябре 1999 г. началась серия контртеррористических операций на территории Чеченской Республики. Активные боевые действия против незаконных вооруженных формирований велись с 1999 по 2000 г., а затем по мере установления контроля федеральных сил над территорией Чечни. К 2005 г. после уничтожения многих полевых командиров интенсивность деятельности боевиков значительно снизилась.