Великая Отечественная война — так окрестили в СССР советско-германскую войну 1941–1945 годов — обеспечила дополнительную легитимность режиму, который выстоял перед вторжением Третьего рейха и отбросил врага. Но война изменила политический ландшафт Союза, дала простым людям такую самостоятельность, какой у них не было со времен Гражданской войны. Москве было нелегко внедрить заново идеологическое единообразие и привести всех к покорности, как до войны, — особенно в такой республике, как Украина. Вооруженная борьба националистов на западе Украины продлилась до середины 1950-х годов. Галичина и Волынь (также Буковина и Закарпатье) оставались много лет фактически на военном положении, а власти не могли проводить там ту же политику, что в других частях УССР.
Украинская повстанческая армия не позволяла новой власти прочно утвердиться в западноукраинской глубинке еще в начале 1950-х годов — когда остальные антисоветские партизаны в Восточной Европе давно уже сложили оружие. Приблизительно в 1947 году командование УПА изменило подход к ведению войны: крупные соединения разбили на отряды численностью не более полусотни, затем на еще меньшие — до десяти человек. Прямых столкновений с мощной армией противника теперь избегали, сохраняя людей для третьей мировой. Противостояние СССР и Запада, казалось, должно было со дня на день перейти в открытую фазу. Но даже мелкие группы боевиков не давали режиму покоя: атаковали партийных и государственных чиновников, срывали коллективизацию села и советизацию населения через школу. Кремль ответил волной репрессий, в том числе высылкой в Сибирь сотен тысяч украинцев, заподозренных в сочувствии подполью.
Только весной 1950 года сотрудники МГБ смогли выследить и убить Романа Шухевича, главнокомандующего УПА. Его сменил Василь Кук, но за несколько лет организованное сопротивление было в общем подавлено. Отдельные группы, которым удавалось уйти от преследования, теряли контакты друг с другом. Кое-кто пробрался на Запад через Польшу или Чехословакию и пристал к националистической эмиграции в ФРГ, где первую скрипку играл Степан Бандера. В 1951 году США и Великобритания стали забрасывать (точнее, сбрасывать на парашютах) членов бандеровской ОУН и других организаций на Украину, используя их как разведчиков. После этого Москва усилила охоту на вождей украинской эмиграции в Западной Германии. Осенью 1959 года агент КГБ Богдан Сташинский убил Бандеру, прыснув ему в лицо цианистым калием из особого пистолета. В 1961 году киллер перебежал на Запад и сознался в убийстве Бандеры и Льва Ребета, еще одного политэмигранта. Его показания в суде ФРГ развеяли какие бы то ни было сомнения: в обоих случаях приказ отдавали высшие руководители Советского Союза.