Скрытый сифилис особенно опасен тем, что совершенно себя не проявляет. Больной может быть заразным для партнеров. Диагностировать хронический сифилис в скрытой форме трудно. Бывает так, что спирохеты не выявляются посредством серологического исследования до тех пор, пока иммунитет не ослабнет и инфекция не начнет прогрессировать. Причин развития такой формы может быть несколько. В первую очередь это повсеместное применение антибиотиков. Они подавляют активность бледной трепонемы, но не приводят к полной ее гибели. Влияет на проявление инфекции и иммунитет больного. Если зараженный обладает крепкой иммунной системой, которая подавляет деление спирохет, то твердый шанкр не появляется. Все это происходит до тех пор, пока больной не столкнется с ослаблением иммунной системы.
Существуют три основные гипотезы происхождения сифилиса: американская, европейская и африканская.
Американская гипотеза основана на том, что в Европу сифилис занесли матросы с кораблей Колумба из Нового Света, которые, в свою очередь, заразились от аборигенов острова Гаити. Многие из них затем присоединились к многонациональной армии короля Франции Карла VIII, который вторгся в Италию в 1494 году. В результате в 1495 году возникла вспышка сифилиса среди его солдат, когда они взяли Неаполь. В 1496 году его войско было разбито испанцами, и солдаты, возвращаясь домой, способствовали распространению заболевания. Эпидемия распространилась на Францию, Италию, Германию, Швейцарию, а затем проникла в Австрию, Венгрию, Польшу, что привело к гибели более чем 5 миллионов человек. К 1500 году эпидемия выходит за пределы Европы, фиксируются случаи заболевания в Северной Африке, Турции, Юго-Восточной Азии, Китае и Индии. В 1512 году в Киото (Япония) происходит большая вспышка сифилиса. Он был основной причиной смерти в Европе в эпоху Возрождения.
Гипотеза американского происхождения сифилиса получила новое подтверждение с помощью генетического анализа, проведенного учеными под руководством Кристин Харпер из университета Эмори, установившими родственную связь возбудителя сифилиса – бледной трепонемы – с южноамериканскими трепонемами. Обнаружение же средневековых скелетов со следами сифилиса ученые объясняют действием другого штамма трепонемы, пришедшего в Европу из Африки. Этот подвид болезни, по их мнению, не передавался половым путем.
Сторонники европейской гипотезы считают, что сифилис был известен еще в глубокой древности. По их мнению, об этом свидетельствуют описания в работах Гиппократа, Галена, Диоскорида, Цельса, Авиценны и других ученых древности, а также в Библии поражений, характерных для сифилиса. Также были обнаружены скелеты монахов-августинцев, живших в монастыре северо-восточного английского порта Кингстон-апон-Халла. Их радиоуглеродный анализ выявил повреждения костей, которые, по мнению сторонников этой гипотезы, характерны для сифилиса. В журнале судоходства этого города отмечено постоянное прибытие моряков из далеких мест, что, как полагают, было ключевым фактором передачи сифилиса. В скелетах жителей древнего города Помпеи обнаружены признаки врожденного сифилиса, хотя интерпретация этих данных оспаривается. Также был обнаружен скелет подростка, жившего в начале XIV века, с изменениями зубов, характерными для заражения сифилисом внутриутробно.