В 1551 г. был созван церковный собор, которому Иван поставил ряд вопросов об упорядочении церковного управления, просвещения, народных нравов, церковных обрядов и церковной дисциплины и представил на одобрение Судебник и Уставные грамоты. Труды этого собора составили книгу под названием «Стоглав» — по количеству глав этого сборника.
В период деятельности «Избранной рады» полностью сложилась приказная система центрального управления, которая начала формироваться еще при Иване III. Приказы организовывались как по отраслевому, так и по территориальному принципу, а приказная бюрократия — дьяческий штат — играл все более заметную роль в системе государственной власти.
Рядом «Уставных земских грамот» с 1551 г. проводилась областная реформа, состоявшая в отмене кормлений с установлением за то определенного в грамоте кормленного окупа в казну государеву и передававшая местное управление в руки выборных излюбленных старост и голов, земских судей и судеек. Царским приговором 1556 г. кормления уничтожались повсеместно, а кормленый окуп обращался на денежное жалование служилым людям.
Наряду с этим, в духе указаний Ивана Пересветова, была начата военно-служилая реформа. В 1550 г. 1000 отборных детей боярских, разверстанных по статьям, наделялись земельными участками определенной величины на поместном праве в Московском уезде, составив кадры для посылок с правительственными поручениями. Этот проект, однако, удалось осуществить лишь частично. С 1551 г. намечен общий поземельный кадастр на новых технических основаниях (соха, сошное письмо) для прекращения земельных тяжб и в целях справедливого поместного наделения, которое было пересмотрено и исправлено в 1556 г., когда точно установлен и размер обязательной службы с земли — со 100 четвертей (50 десятин) доброй земли человек на коне и в полном доспехе. В 1553 г. приняты меры для упорядочения и ограничения местничества в армии. Местническая традиция устанавливала жесткую зависимость между служебным положением лица на военной или административной службе и знатностью рода, а занятие более низкого положения по службе, чем занимали отец, дед и т. д., означало поруху родовой чести. Местнические счеты, очень сложные и разветвленные, вели к спорам, которые ослабляли армию. Отменить местничество было в то время еще невозможно, поскольку знать за него очень цепко держалась. Но теперь местнические споры ставились в определенные рамки и ограничивалось их негативное воздействие на боеспособность войск.
Было создано стрелецкое войско, которое должно было ослабить зависимость центральной власти от местных князей и бояр и от тех полков, которые они приводили на войну.