Несколько лет еще пришлось иметь дело с восстаниями местного населения, неохотно подчинявшегося новым порядкам, сбору ясака и поддерживаемого башкирами, ногайцами, Астраханью и надеждой на крымское вмешательство. Однако взятие Казани обеспечило быстрое присоединение к России всего Поволжья. После взятия в 1556 г. Астраханского ханства вассалами Ивана Грозного признали себя орда Больших Ногаев, кабардинские князья, башкирские феодалы, а также Сибирское ханство.
Избранная рада настаивала на продолжении наступления на осколки Золотой орды, когда в течение всех 50-х гг. велось активное русское наступление на Крым. Особо можно отметить смелый набег на Крым весной 1559 г. младшего брата Алексея Адашева, окольничего Даниила Федоровича Адашева. С восьмитысячным войском Даниил Федорович сел на лодки, им самим построенные, спустился по Днепру в море, взял два турецких корабля, высадился в Крыму, опустошил улусы, наведя ужас на татар, застигнутых врасплох, и освободил множество христианских пленников. Пленных турок, взятых при нападении на Крым, Адашев отослал в Очаков к турецким пашам, велев сказать им, что царь воюет с врагом своим, крымским ханом Девлет-Гиреем, а не с турецким султаном, с которым хочет быть в дружбе. С большою добычей Даниил Адашев благополучно отплыл обратно, хотя хан с большим войском гнался за ним по берегу Днепра, но не решился напасть и ушел обратно.
Крымская политика прекратилась с началом военных действий на западной границе, когда Иван резко порвал с «Избранной радой», разлад с которой наметился еще раньше.
На фоне внутри- и внешнеполитических успехов не столь счастливо складывалась у царя семейная жизнь. В августе 1549 г. у царственных супругов родилась дочь Анна, однако ровно через год она умерла. Вторая дочь Мария, родившаяся в 1551 г., умерла через несколько месяцев. Третий ребенок — царевич Дмитрий родился 11 октября 1552 г. Но долгожданный наследник погиб 6 июня 1553 г. по пути в Москву с богомолья, куда его брали с собой родители. Незадолго до этого, в марте 1553 г. царь тяжело занемог и был при смерти. В случае смерти Ивана IV престол переходил к его младенцу сыну Дмитрию, а реальная власть — к братьям царицы Анастасии Захарьиным, которые ставились во главе опекунского совета. Царь написал духовную и потребовал, чтобы его двоюродный брат князь Владимир Андреевич Старицкий и бояре присягнули его сыну, младенцу Дмитрию, кандидатура которого встретила резкие возражения окружающих из ненависти к Захарьиным, которым достались бы опека и место, занятое в правительстве членами «Избранной рады». Произошел политический кризис. Бояре готовы были отказаться от присяги Дмитрию и собирались присягать двоюродному брату Ивана Грозного князю Владимиру Андреевичу Старицкому. Отец ближайшего сподвижника Ивана IV А. Адашева, окольничий Федор Адашев, даже прямо объявил больному царю, что они не хотят повиноваться Захарьиным, которые будут управлять за малолетством Дмитрия.