Однако царь выздоровел и вопрос о престолонаследии отпал сам собой. Но с тех пор началось охлаждение царя к его прежним друзьям. На первых порах этот эпизод оставался без видимых последствий. Был прощен царем даже князь Семен Иванович Лобанов-Ростовский, выступавший за принесение присяги Владимиру Андреевичу, а после выздоровления Ивана IV пытавшийся даже бежать в Литву. Вынесенный ему Боярской думой смертный приговор за попытку бегства Иван Грозный заменил заточением в тюрьму на Белоозере. Но, разумеется, он ничего не забыл. Следствие по делу Лобанова-Ростовского вскрыло существование целой группы княжат, непримиримо настроенных к Захарьиным и искавших покровительства в Литве.
Сильвестр и члены рады занимали среднюю позицию во время правительственного кризиса. Они беспрекословно присягнули тогда царевичу, но рассчитывали, видимо, уговорить Ивана назначить Дмитрию опекуном Владимира Андреевича, а тот за это сохранил бы влияние «Избранной рады». Зная это, Иван Грозный после выздоровления не пошел на прямой разрыв с радой, но влияние ее теперь стало сходить на нет.
Вскоре решился и вопрос с наследником — 28 марта 1554 г. у Ивана Грозного и Анастасии Романовны родился сын Иван. Через год родилась дочь Евдокия, а 31 мая 1557 г. сын Федор. Казалось бы, семейное счастье было достигнуто, и династического кризиса можно было уже не опасаться.
Резко переменилось и направление внешней политики страны с восточной на западную. В 1553 г. английская торговая компания снарядила в Китай через Ледовитый океан экспедицию, часть которой погибла, а часть во главе с Ричардом Чэнслором прибыла в устье Северной Двины и добралась до Москвы, где милостиво была принята Иваном Васильевичем. Через два года Чэнслор явился уже послом от английского правительства и заключил договор о беспошлинной торговле англичан в России, а в 1557 г. московский агент, Осип Непея, добился в Англии того же для русских. Это оживило в Москве мысль пробиться к Балтийскому морю, чтобы установить непосредственные и более удобные, чем на севере, сношения с Западной Европой, которым решительно препятствовал Ливонский орден, не пропустивший в Россию набранных в Германии по поручению Ивана саксонских мастеров и художников. Внутренние отношения в Ливонии (борьба протестантских городов с католическим рыцарским орденом и архиепископом) давали надежду на успех.
В 1558 г. Иван Грозный начал Ливонскую войну. Началась война успешно. Русские войска взяли Нарву и Дерпт и дошли до Ревеля. К 1560 г. была завоевана почти вся Ливония. Но в 1559 г. под влиянием Адашева, осознавшего трудности ведения войны при сохранении опасности со стороны Крыма, было заключено перемирие. После этого началось разложение Ливонского ордена. Эстляндия перешла под власть Швеции, остров Эзель уступлен Дании, в 1561 г. отделилось герцогство Курляндское под властью бывшего магистра ордена Кетлера. После этого ливонские феодалы подписали соглашение с польским королем Сигизмундом II Августом о переходе под его протекторат архиепископства Рижского и орденских земель, который потребовал вывести русские войска из своих новых владений. Назревала война с Польшей и Швецией.