Против злодеяний опричников выступил митрополит Филипп. 22 марта 1568 г. он отказался благословить царя и публично осудил опричнину и казни. Между тем бесчинства продолжались. По свидетельству очевидцев, опричники, которых возглавляли князь Вяземский, Малюта Скуратов и Василия Грязной, насильно забирали прямо из домов дворян, дьяков, купцов их жен, известных своей красотой, и вывозили их из Москвы. Их на выбор представляли царю, который некоторых отбирал для себя, а других оставлял опричникам. Многие из несчастных женщин, над которыми надругались царь и опричники, вскоре умерли.
По совету своего духовника протопопа Благовещенского собора Евстафия царь инициировал следствие против ненавистного ему митрополита Филиппа, чтобы осудить его за недостойное якобы поведение в бытность игуменом Соловецкого монастыря. Ложные, но необходимые для царя показания дал новый Соловецкий игумен Паисий. Из страха перед царем церковные иерархи низложили Филиппа. И когда 8 ноября 1568 г. святитель вел службу в Успенском соборе, туда явились опричники во главе с Алексеем Басмановым, сорвали с митрополита его ризы и выгнали из собора метлами. Затем его сослали монахом в тверской Ороч монастырь. Позже он был задушен Малютой Скуратовым по приказу Грозного, который так и не смог простить непокорного святителя.
Между тем продолжалась Ливонская война. В 1563 г. русское войско взяло Полоцк. Это был крупный успех. Но в 1564 г. поляки нанесли русским войскам два серьезных поражения — 26 января на реке Улла и 2 июля под Оршей. На этом фоне нарастал конфликт Ивана IV с Боярской думой, недовольной возвышением безродных опричников и стремлением царя править самовластно. В то же время росла подозрительность Ивана Грозного по отношению к боярам, некоторые из которых пытались укрыться от царского произвола в Литве, не всегда, однако, удачно. По подозрению в измене после поражения при Улле были убиты по приказу царя Михаил Петрович Репнин и Юрий Иванович Кашин, проявившие себя при взятии Полоцка. Репнина при этом арестовали в церкви и убили на улице, а Кашина — во время утренней молитвы.
Чем больше творилось в стране преступлений, тем больший страх охватывал царя Ивана IV. Показателем тому служит посылка в Англию в 1568 г. к королеве Елизавете I дворянина Андрея Савина с тайным заданием просить королеву предоставить царю убежище на слу чай бегства из России. Подготовка к побегу в Англин: шла в течение 1568 и 1569 гг., когда строились мощные укрепления в Вологде, из которой водным путем можно было достичь Белого моря. Для этой цели там строились плоскодонные речные суда. Из Соловецкого монастыря, согласно тщательно разработанному плану, царя с семьей в Англию должен был доставить английский морской флот.