Манифест сразу расколол и обескровил оппозиционные царизму силы. От революции отшатнулись российские либералы, расценившие этот документ как серьезную попытку правительства вступить на путь реформ. Были крайне ослаблены и левые партии с их лозунгом «Вся власть Учредительному собранию», поскольку царь обещал, что ни один закон не будет вступать в действие без одобрения в Государственной думе. Осталось только подавить отдельные очаги сопротивления и взять под полный контроль ситуацию в стране. В новой обстановке С. Витте оказался не нужен. Его отправили в отставку. Император не смог простить ему свое отступление от монархических принципов.
Николай II назначил новым премьер-министром Саратовского губернатора П. А. Столыпина, прекрасно зарекомендовавшего себя во время подавления крестьянских беспорядков. Новый премьер-министр хорошо понимал, что монархия будет спасена лишь в том случае, если приспособится к духу времени, избежав резких социальных перемен. Для решения этой задачи он замыслил полную реорганизацию крестьянского общинного хозяйства и перевод его на фермерский путь развития.
Император сначала был доволен П. А. Столыпиным и поддержал все его меры по реформированию крестьянского хозяйства. Чтобы обеспечить крестьян достаточным количеством земли для эффективного хозяйствования, Николай распорядился продать им 1,6 млн гектаров государственных угодий. Но больше всего Николай II был признателен П. Столыпину за то, что премьеру удалось наладить нормальные взаимоотношения с III Государственной думой и даже придать ей более деловой, конструктивный характер.
Вскоре отношение Николая II к П. Столыпину резко ухудшилось. У премьер-министра появились недоброжелатели из ближайшего окружения самодержца. Они постоянно нашептывали царю, что П. Столыпин уже стал заслонять собой императора, что он умышленно потворствует Думе, чтобы с ее помощью присвоить себе часть императорских полномочий. Долго настраивать царя против его премьер-министра не пришлось, так как императорская чета рассматривала всех должностных лиц империи как простых царских приказчиков. Волевой же и решительный П. Столыпин не вписывался в идеал безропотного и преданного слуги.
Новые законы премьер-министра все чаще стали встречать противодействие в Государственном совете. Император тоже уже неохотно оказывал ему поддержку в проведении нужных законов. 12 августа 1906 г. на жизнь Столыпина было совершено покушение. Террористы попытались взорвать его на даче, расположенной на Аптекарском острове в Петербурге. Более 20 человек, находившихся там, погибло, более 30 были ранены, в числе последних находились сын и дочь Столыпина. Сам премьер-министр не пострадал. В сентябре 1911 г. П. Столыпин был все-таки убит террористами в Киеве. Николай II выразил сочувствие семье убитого премьер-министра и утвердил его преемника В. Коковцева. На последовавшем вскоре приеме в крымском поместье царской семьи новому премьер-министру дали понять, чтобы он даже не пытался идти по стопам предшественника, а лишь послушно выполнял поручения императора.