Возвращение на родину не принесло радости Швейцерам. В 1918 году, к исходу войны, положение здесь было весьма печальным. Неподалеку проходил фронт, и временами до Страсбурга доносился грохот канонады. К тому же здоровье обоих супругов было серьезно расшатано, и в родном городе, о котором они так долго мечтали и куда наконец возвратились, постоянное недомогание ощущалось еще сильнее. Несмотря на это, перед Швейцером вновь настойчиво вставал вопрос, как жить дальше. Чем заняться? И не призовут ли его на военную службу? Уже ясно различались признаки близкого краха германской кайзеровской империи.
Швейцер не мог долго оставаться в Страсбурге. Оставив жену на попечение ее родителей, он уехал в Гюнсбах — повидать близких. Он надеялся также, что в родных горах у него пройдет беспрестанно донимавшая его лихорадка и усталость. Гюнсбах оказался в зоне боевых действий и находился непосредственно у линии фронта. Чтобы получить разрешение на въезд в долину Мюнстера, Швейцеру пришлось долго обивать пороги различных ведомств и военных учреждений.
Поезд довез его только до Кольмара. Сколько раз в детстве и в юношестве Швейцер совершал пешком этот путь вверх по долине Мюнстера! Сейчас ему было больно вспоминать об этом. Неужели все, что сейчас открылось его глазам, и есть та некогда мирная долина, с которой он простился в страстную пятницу 1913 года? Дома, разрушенные снарядами, блиндажи, колючая проволока и горные склоны, прежде лесистые, а нынче разрытые, лишенные всякой растительности. По мере приближения к Гюнсбаху на душе у Швейцера становилось все тяжелее. Что-то ждет его в пасторском доме? Еще в девственном лесу он получил через Швейцарию страшную весть: 3 июля 1916 года под копытами лошадей немецкой артиллерийской повозки погибла его мать.
Обстановка в пасторском доме все больше угнетала Швейцера. Отец его, старый пастор, уже не мог опекать, как прежде, свою паству: война диктовала свои законы, разрушение захлестнуло все вокруг, равнодушие и отчаяние охватили людей. Все будто погрузились в апатию. Страшная засуха 1918 года в Эльзасе сгубила хлеба, спалила луга и иссушила на корню бобовые. Призрак голода бродил в долинах Вогез. В довершение всего в пасторском доме то и дело сменялись солдаты и офицеры, которых определяли сюда на постой, и шум в доме не прекращался ни днем ни ночью.
В этих условиях нечего было и думать о том, чтобы отдохнуть здесь душой и телом. Напротив, состояние Швейцера стало ухудшаться. Лихорадка, часто трепавшая его после дизентерии, которую он перенес в Бордо, теперь давала знать о себе каждый день. Сама еще не оправившись от болезни, Елена Швейцер поспешила в Гюнсбах ухаживать за мужем. К концу августа состояние Швейцера ухудшилось настолько, что он решил лечь в больницу. Опираясь на руку жены, с трудом превозмогая боль, Швейцер проковылял вниз по долине Мюнстера. 1 сентября в Страсбурге профессор Штольц в срочном порядке сделал ему операцию.