Позже он был рукоположен в епископа и назначен на Кавказскую и Черноморскую кафедру. Выяснилось, что у настоятеля богатого столичного монастыря нет своих денежных средств, и ему, как когда-то святителю Филарету (Амфитеатрову), пришлось занять денег на переезд к месту службы и первое обустройство.
Епископ Игнатий столкнулся на новом месте своего служения с необычайными трудностями. На Кавказе много лет продолжалась война, население состояло из людей разных национальностей и вер. Но владыка не предался унынию, а ревностно приступил к исполнению своих архипастырских обязанностей. Важнейшую свою задачу епископ Игнатий видел в проповедании народу Христа, в установлении мира на огнедышащем Кавказе, в укреплении и расширении здесь Святого Православия.
Святитель усердно заботился об устроении правильного богослужения в храмах, об улучшении быта духовенства, его образовании и нравственном совершенствовании. Благодаря этой заботе епархиальные дела вскоре были приведены в благополучное состояние.
Тяжкая болезнь вынудила епископа Игнатия летом 1861 года подать прошение об увольнении на покой в Николо-Бабаевский монастырь, где он провёл свои последние годы и мирно преставился ко Христу.
Но не великие архиерейские и пастырские заслуги принесли святителю Игнатию (Брянчанинову) поистине всемирную славу, а его литературные труды, в которых он явился замечательным духовным учителем того, как в жизненном водовороте человек может сохранить верность Христу, возгревая постоянно в сердце своём огонь любви и преданности Богу.
Перечислим основные литературные труды святителя Игнатия (Брянчанинова): «Аскетические опыты» в 2 томах; «Слово о смерти» и примыкающее к нему по смыслу «Слово о чувственном и духовном видении духов»; «Слово о человеке»; «Приношение современному монашеству», которое сам святитель назвал духовным завещанием, содержащее разнообразные наставления о внутренней и внешней жизни монашествующих.
Особое место среди произведений святителя Игнатия занимает составленный им «Отечник», содержащий избранные изречения древних святых отцов и краткие повести из их жития. В этот «Отечник» вставлено много ценных комментариев самого святителя Игнатия, помогающих современному христианину правильно понять и применять в жизни аскетические наставления великих подвижников древности.
Несколько томов занимают письма святителя Игнатия разным лицам, также содержащие множество полезных советов по борьбе со страстями.