К 10 мая 1940 г. французские ВВС в общей сложности получили 1074 MS.406. На этот день, в который началось немецкое наступление, на MS.406 летали 10 истребительных групп, относившихся к боевым. В это число входили GCIII/3 в Бово (21-я дивизия), GCII/ 2 в Лаоне и GCIII/2 в Камбре (23-я дивизия) и GCIII/1 в Норрене (25-я дивизия) в Северной зоне воздушных операций; GCI/1 в Туле, GCII/6 в Ан- люре и GCIII/7 в Витри-ле-Франсуа (22-я дивизия) в Восточной зоне воздушных операций; GCIII/6 в Шиссе и GCII/7 в Люксейле (24-я дивизия) в Южной зоне воздушных операций и GCI/6 в Марселе в Альпийской зоне воздушных операций.
Французы прилагали усилия к перевооружению групп MS.406 на Девуатин D.520 или MB Л 52, но в этот период устаревший "Моран-Солнье" нес основную тяжесть боев. Его недостатки усугублялись неправильным тактическим применением. Прочные Блок MB. 152 со звездообразными моторами часто обеспечивали требующее большого расхода топлива прикрытие сверху, a MS.406 с сильно уязвимыми моторами жидкостного охлаждения обстреливали хорошо защищенные колонны немцев. Таким образом подрывались даже те возможности, которыми обладал только MS.406. Мало хорошего было в том, что MS.406 несли самые большие относительные потери среди всех французских истребителей, участвовавших в "битве за Францию". Разумеется, были и успехи. Например, 8 июня капитан Вильям из GCI/2 сбил три Bf 109 за 15 секунд, а другие летчики этой группы в тот же самый день одержали еще 9 побед, разогнав группу из 11 Bf 109 ценой потери только двух MS.406. В другом случае, 13 мая, шесть MS.406 из GCII/2 уничтожили шесть Bf 109 за 20 секунд. В общей сложности около 150 MS.406 были потеряны в боях французскими ВВС, 75 летчиков погибли (а всего по ВВС в бою погибло 144 летчика- истребителя). Вооруженные MS.406 группы и подразделения ПВО одержали 171 подтвержденную и 93 "вероятных" побед.
Выпуск MS.406 окончательно завершили на заводе в Бужено в марте 1940 г. партией из 8 самолетов, изготовленных по контракту 1052/9, заключенному в мае предыдущего года. Они были оплачены частной организацией "Независимая касса национальной обороны". Заказ, размещенный в 1938 г. Литвой на 13 самолетов MS.406L, не был выполнен, хотя первый из них взлетел весной 1939 г. Он отличался от стандартного MS.406 только приборами и типом радиостанции. Французское правительство объявило эмбарго на экспорт и самолеты были модифицированы по образцу для французской авиации.
Хотя к 10 мая 1940 г. ВВС приняли 1074 MS.405 и MS.406, часть из них была разбита в авариях или находилась в длительном ремонте, 30 машин в декабре 1939 г. – январе 1940 г. поставили в Финляндию. 30 – в феврале-марте 1940 г. продали Турции, 135 базировались в Северной Африке, Ливане и Индокитае. Оставшиеся 815 находились в строевых и учебных частях, а также в консервации во Франции. Правительство Китая в начале 1938 г. разместило заказ на 12 MS.406, но по очевидным причинам постройка этих самолетов задержалась, а во время чехословацкого кризиса контракт был аннулирован и самолеты собрали по французскому образцу. Впоследствии соответствующее количество MS.406 взяли с французских складов и доставили морем в Хайфон для перевозки в Китай по железной дороге. Эти самолеты были в пути, когда объявили о начале войны. Один или два самолета видимо лишенных стандартной 20-мм пушки, могли достичь китайского Куньмина, но практически все (если не вообще все) были реквизированы генерал-губернатором Индокитая после начала войны для того, чтобы вооружить истребительную эскадрилью 2/596, сформированную в конце октября 1940 г. в Бач-Май.