В начале 1939 г. заказ на MS.406 также разместило польское правительство. Он включал поставки польским ВВС 160 самолетов, из них 50 – к концу августа 1939 г., а оставшиеся – партиями по 20 самолетов в месяц, В ожидании поставок была достигнута договоренность с румынским правительством о выгрузке истребителей в контейнерах в румынском порту Констанца. Затем MS.406 должны были собираться на близлежащем аэродроме или транспортироваться по железной дороге к польской границе, где будет организована сборочная мастерская. Примерно 10 августа во Львове была сформирована группа под командованием полковника Сташона, переброшенная впоследствии в приграничный город Снятии в ожидании прибытия MS.406. К 13 августа эта часть насчитывала примерно 200 летчиков и механиков.
Военный инженер Рымцевич был послан в Румынию для организации выгрузки упакованных истребителей в Констанце, но ситуация день ото дня менялась. Румынское правительство заявило, что допустит только выгрузку контейнеров, но не разрешит собирать истребители в Румынии. 15 августа грузовое судно с первой партией самолетов подошло к Босфору, но под давлением немцев румынское правительство категорически запретило выгрузку и судно было вынуждено вернуться во французский порт. Последовавшее быстрое продвижение вермахта в Польшу воспрепятствовало дальнейшим планам отправить MS.406 в Польшу.
Ранее были упомянуты различные попытки улучшить характеристики MS.406 путем установки более мощных моторов (MS.408 и MS.411), но конструкторы шли другими путями. Для того, чтобы увеличить сильно ограниченную перегоночную дальность истребителя, в декабре 1939 г. MS.406 № 1005 летал с двумя гладко прилегавшими вспомогательными баками по 148 л, которые увеличили дальность до 1500 км. Это оборудование было одобрено в январе 1940 г.; заказали 100 пар баков, некоторые из которых были использованы в 1941 г. для перегонки MS.406 в Ливан для усиления GCI/7. Этот же самый самолет использовался для летных испытаний более высоко расположенного горизонтального оперения, но эта модификация не была принята к серийному производству.
Конечно самой радикальной модификацией базового истребителя с мотором Испано-Сюиза 12Y31, является MS.410, отличавшийся измененной конструкцией крыла, обеспечивавшей установку двух пулеметов МАС1934 М39 в каждом крыле и неподвижным радиатором вместо втягивавшегося. В январе-феврале 1940 г. на MS.406 № 1028 поставили частично переделанное крыло с четырьмя пулеметами MAC 1934 М39 с лентами по 550 патронов вместо стандартного вооружения из двух пулеметов MAC 1934 с барабанами на 300 патронов. Пулеметы обогревались и была установлена усовершенствованная электропневматическая система управления оружием. Предусмотрели крепления для вспомогательных топливных баков. Выпуклость на передней кромке крыла (необходимую для размещения магазинов ранее стоявших пулеметов) ликвидировали.