Далее последовали фильмы и роли не столь успешные. Лейтенант Флетчер в «Мятеже на Баунти» (1962), Марк Антоний в «Юлии Цезаре», историческая драма «Дезире», музыкальная комедия «Парни и девчонки». Да и «Графиня из Гонконга» (1966) не очень прозвучала; кстати, на ее съемках Брандо разругался с Чарли Чаплином, считая его диктатором и садистом по отношению к актерам. Полу-успех принесла картина «Погоня» Артура Пенна, в которой Брандо темпераментно исполнил роль шерифа Колдера. И вот наконец новый взлет. Новая вершина. Эверест подлинного успеха — «Крестный отец» (1972).
«Когда Марио Пьюзо в 1970 году прислал мне сценарий „Крестного отца“, я прочитал не только рукопись, но и сам роман и остался в восторге, — писал Марлон Брандо. — Фрэнсис Коппола хотел дать мне главную роль — главы нью-йоркского мафиозного клана Дона Вито Карлеоне. Я сомневался, смогу ли вообще сыграть итальянца. Для этого дома наложил грим, засунул за щеки бумажные носовые платки и поработал над образом перед зеркалом, а потом и перед телемонитором. Только тогда у меня появилось наконец чувство, что я смогу убедительно сыграть эту роль. Я задался целью, возможно, впервые в истории кино, сыграть гангстера, совсем не похожего на обычного злодея. Скорее он должен быть в некотором роде героем, представляющим благосостояние, традиции и достоинство, умеющим защитить себя и свою семью в преступном мире…»
Как сказал на первых пробах Коппола: «Это то, что надо: подлая бульдожья морда, а внутри — теплота».
Фильм покорил миллионы зрителей. Даже известнейший в Америки мафиозо Джо Буфалино оказал Марлону Брандо знаки почтения. Ну, а киноакадемики присудили ему еще одного «Оскара», от которого отказался сам актер, чем шокировал весь Голливуд. Вместо себя он на церемонию вручения наград прислал индианку Маленькое Перо, которая сообщила, что актер отказывается получать статуэтку в знак протеста против притеснения индейцев — коренного населения Америки.
И тут же почти следом разразился второй скандал — на сей раз в связи с появлением на экране фильма Бернардо Бертолуччи «Последнее танго в Париже». Фильм шокировал многих своими откровенными сексуальными сценами, да еще с некоторыми извращениями, между немолодым овдовевшим американцем Полом (его играл Марлон Брандо) и молодой парижанкой Жанной (актриса Мария Шнайдер). Секс был не киношный, а натуральный. А остальное — это душевные метания героев картины. Как написал в своих воспоминаниях Брандо: «Я и поныне не знаю, о чем, собственно, шла речь в картине. Насколько я могу судить, Бернардо во время съемок тоже многого не понимал…» И не без юмора добавил: «Я думаю, что в фильме речь идет о многом — возможно, когда-нибудь я буду знать, о чем именно».