Но всё же первое время узницы жили в остроге относительно спокойно. Охранявшие их сотники были ещё в Москве задобрены Иоакинфом Даниловым — супругом Марии Даниловой, «чтобы не свирепы были». Узниц посещали племянник Данилова Иродион, их наставница мать Мелания и другие, сочувствовавшие им. Однако как только об этих посещениях стало известно в Москве, был составлен указ о расследовании того, что делается в тюрьме (23–24 марта 1675 года). В Боровск внезапно прибыл подьячий Павел, который «с пристрастием» расспрашивал сотников. В результате у узниц отобрали книги, иконы, одежду и пищу, а охранявших их сотников сослали простыми солдатами в Белгород на «вечное житьё». Положение заточённых резко ухудшилось. Худая одежда их за это время истлела, яма кишела насекомыми и гадами. Пищу им давали самую скудную: «а когда ясти подадут, тогда пить не дают; а когда пить подадут, тогда ясти не подадут». Но и в этих нечеловеческих условиях мученицы продолжали творить непрестанную молитву, навязав из тряпиц пятьдесят узлов вместо отобранных четок и по ним, словно по «небесовосходной лествице», устремляясь в иной мир.
Вскоре началось новое расследование. 29 июля 1675 года был прислан дьяк Феодор Кузмищев, который «мучениц истязал». В конце июня 1675 года на площади в срубе были сожжены 14 боровских узников, в том числе бывший слуга Морозовой Иван и её соузница инокиня Иустина. По распоряжению дьяка Кузмищева боярыню Морозову и княгиню Урусову из опустевшего после казни острога перевели в новоустроенную земляную тюрьму, в «пятисаженные ямы», а Марию Данилову поместили в тюрьму, где «злодеи сидят». Под страхом смерти охранникам запретили давать заключенным пищу и питьё…
Первой не выдержала княгиня Евдокия Прокопьевна Урусова — она скончалась 11 сентября 1675 года. «Феодора тремя нитьма во имя единосущныя Троицы пови тело любезныя сестры своея и соузницы Евдокии, и увязав вервью». Стражи извлекли за веревку её тело из земляной ямы и сначала хотели тайно зарыть в лесу. Но и после смерти она не давала покоя мучителям. Не только живую, но и мёртвую они боялись выпускать её на волю. Тело княгини, по указу царя, закопали внутри острога.
К Морозовой, уже измождённой от «глада и жажди, и от задухи, и вшей», перевели Марию Данилову. Чувствуя приближение смерти, боярыня в последний раз «взалкала», проявив человеческую слабость, призвала стражника и попросила: «Рабе Христов! Есть ли у тебя отец и мати в живых или преставилися? И убо аще живы, помолимся о них и о тебе, аще же умроша — помянем их. Умилосердися, раб Христов! Зело изнемогох от глада и алчу ясти, помилуй мя, даждь ми колачика»